Khi thực dân Pháp bắt đầu xâm lược nước ta, lực lượng tỏ ra bất bình và phẫn nộ nhất có lẽ là các tầng lớp văn thân sĩ phu, tầng lớp được coi là có học và trọng vọng trong xã hội.
Trước cảnh nước nhà bị ngoại xâm, nhiều người, một số người trí thức có lòng ái quốc quá khích, không hiểu thời thế đã tự động khởi xướng một phong trào bài ngoại và chống người Công Giáo, trước khi nghĩ đến cuộc phục hưng quốc gia. Ðó là Phong Trào Văn Thân. Khẩu hiệu của phong trào này nghe ngầu lòi "Bình Tây Sát Tả" (Dẹp người Pháp, giết người Công giáo). Bắt đầu từ cuộc bãi thi của sĩ tử trong kì thi Hương tại các trường miền Bắc và miền Trung để phản đối việc Nhà Nguyễn nhượng lại ba tỉnh miền Đông Nam Bộ cho Pháp. Cố nhiên, hành động này hoàn toàn bình thường, cho đến khi hai thủ lĩnh Trần Tấn và Đặng Như Mai đề ra khẩu hiệu "Bình Tây Sát Tả". Bắt đầu từ lúc này, phong trào trở nên biến tướng, trở thành một tội ác và vết nhơ cực tồi tệ trong các phong trào sĩ phu yêu nước thời kì này.
Đầu năm 1874, vì biết quan Tổng đốc Nam Định dâng sớ về Kinh xin được giết hết giáo dân, nay thấy Philastre ấn định ngày rút hết quân Pháp về Nam, Giám mục Puginier sợ Văn Thân trút hết cơn phẫn nộ lên các làng đạo, cho nên ông đã xin Philastre nán lại để bảo vệ cho các giáo dân. Philastre không chấp thuận, một mực thi hành lệnh rút quân.
Đã có sẵn ác cảm đối với tập thể giáo dân, nay thấy Giám mục Puginier thỉnh cầu quân Pháp nán lại, các Văn Thân càng giận dữ. Cho nên hễ thấy quân Pháp rút tới đâu, quân Văn Thân liền ra tay tàn sát, đốt phá các làng đạo. Và cố nhiên "Bình Tây" thì chưa thấy đâu, chỉ thấy "Sát Tả" đầy trên những làng đạo bị đốt cháy.
Sự việc trầm trọng tới nỗi chính vua Tự Đức phải ra lệnh dẹp ngay cơn loạn này, bảo vệ giáo dân. Các toán quân triều đình nhanh chóng lên đường và xử đẹp cả hai ông tú tài Trần Tấn và Đặng Như Mai. Tuy nhiên, mọi thứ vẫn chưa chấm dứt ở đây. Sau khi phong trào Cần Vương nổ ra, các văn thân lại bắt đầu nương theo nó để mang hơi hướm "chính nghĩa". Tuy nhiên, việc tàn sát giáo dân vẫn diễn ra qui mô lớn hơn.
Theo tường trình của Ðức Cha Puginier, Giám Mục Hà Nội, thì từ tháng 3-1883, Hà Nội, Nam Ðịnh và Hải Dương bị cướp phá. Nguyên tháng 12 ở Hà Nội có 300 làng, tức là 1/3 bị phá. Trong các làng toàn tòng Công Giáo thì có 4 làng bị hủy diệt, 15 làng khác bị cướp. Tại Thanh Hóa, hai trong sáu xứ bị hủy diệt, 242 nhà thờ và nhà nguyện bị đốt cháy, 6 thừa sai, 11 linh mục và 63 thầy giảng cùng với 288 giáo dân bị thảm sát.
Từ khi có hịch Cần Vương, tháng 7-1885, tại Thanh Hóa 40 họ đạo trong 2 xứ có tới 1.000 người bị thảm sát, 40.000 giáo dân chạy tán loạn. Tới tháng 9 thì đã có 4 xứ ở Thanh Hóa bị hoàn toàn phá hủy, 1.800 giáo dân bị giết. Tại Quảng Trị tháng 9-1885 một nửa số Công Giáo bị giết, 10 linh mục và 8.585 giáo dân bị giết trong các xứ Dinh Cát, Bãi Trôi, Ðất Ðổ và Thanh Hương. Thiệt hại nhất là tại Bình Ðịnh có 8 thừa sai, 7 linh mục, 270 nữ tu, 24.000 giáo dân trên tổng số 42.000(Cần xác nhận thêm?) người bị giết. Tất cả các cơ sở nhà Giám Mục, 2 chủng viện, 10 tu viện, 17 nhà mồ côi đều bị đốt cháy, chỉ trừ có 2 họ đạo là thoát nạn.
Tổng cộng số giáo dân bị giết có tới 40.000 người (cần xác nhận thêm), 20 thừa sai, 30 linh mục Việt, hàng ngàn họ đạo bị thiêu hủy.
Phong Trào Văn Thân đưa ra khẩu hiệu “Bình Tây, Sát Tả” nhưng họ chỉ chém giết người Công Giáo, đẩy người Công Giáo vào chỗ phải tự vệ. Rút cục Văn Thân không làm gì được người Pháp, trái lại người Pháp đã ngồi nhìn để xem người Việt xâu xé người Việt, như ngư ông thủ lợi bắt cả cò lẫn trai, dễ dàng đặt ách thống trị.
Tuy nhiên chí sĩ Phan Ðình Phùng sáng suốt đưa ra khẩu hiệu “Lương Giáo Thông Hành", nhưng lời của ông bị chìm sâu trong lửa hận thù của đám Văn Thân cuồng dại. Chỉ cho đến khi tiếng súng cuối cùng ở núi Vụ Quang chấm dứt vào năm 1895, phong trào "Bình Tây Sát Tả" mới theo đó mà kết thúc.
