Để đối phó, tổng thống Diệm và cố vấn Ngô Đình Nhu tìm kế trì hoãn bằng cách yêu cầu Hội đồng các tướng lãnh (danh xưng của phe đảo chánh - còn gọi: Hội đồng Quân nhân cách mạng) cử người vào Phủ tổng thống thương nghị. Nhưng phía đảo chánh đã bác bỏ. Tổng thống Diệm quay sang liên lạc với đại sứ Mỹ Cabot Lodge qua điện thoại (lúc 16 giờ chiều) để hỏi lập trường của Mỹ thế nào trước biến động đang xảy ra ?
Cuộc điện đàm trên giữa tổng thống Diệm và Cabot Lodge được Tòa đại sứ Mỹ ghi âm, kiểm thính và chép thành văn bản lưu trữ trong hồ sơ tối mật ở Bộ Quốc phòng Mỹ, tiết lộ và công bố tại Việt Nam qua bản dịch của Lan Vi - Hồng Hà và Dương Hùng - nguyên văn:
DIỆM: Một vài đơn vị đã làm loạn, tôi muốn biết thái độ của nước Mỹ ra sao ?.
LODGE: Tôi cảm thấy không được thông báo đủ tin tức để có thể nói với ngài. Tôi có nghe tiếng súng nổ, nhưng tôi không được biết hết các sự kiện. Hơn nữa lúc này là vào 4 giờ sáng ở Hoa Thịnh Đốn (Washington) và chánh phủ Mỹ không thể nào (kịp thời) có một quan điểm (cụ thể) được.
DIỆM: Nhưng hẳn là ngài đã có những ý tưởng khái quát. Dầu gì tôi là một Quốc trưởng. Tôi đã cố gắng làm nhiệm vụ của tôi. Tôi muốn làm lúc này điều mà trách nhiệm và lương tri đòi hỏi. Tôi tin tưởng vào trách nhiệm trên hết.
LODGE: Ngài chắc chắn đã làm (tròn) bổn phận của ngài. Như tôi đã thưa với ngài mới hồi sáng nay (1.11), tôi thán phục sự can đảm của ngài và những đóng góp to lớn của ngài cho xứ sở ngài. Không một ai có thể lấy được của ngài sự tín nhiệm về tất cả những điều ngài đã làm. Bây giờ tôi lo ngại cho sự an toàn của ngài. Tôi có tin là những người có trách nhiệm trong hoạt động hiện nay (phe đảo chánh) đề nghị để ngài và bào đệ của ngài xuất ngoại nếu ngài từ chức. Ngài có nghe thấy điều ấy chưa?.
DIỆM: Chưa…
Thế là đã rõ. Đại sứ Mỹ dùng “ngôn ngữ ngoại giao” để tế nhị cảnh báo và đưa ra lời đề nghị tổng thống Diệm từ chức, cùng em ruột của ông (cố vấn Ngô Đình Nhu) ra nước ngoài!
Đoạn điện đàm trên cùng với rất nhiều bức điện của Cabot Lodge gởi về Nhà trắng, Bộ ngoại giao Mỹ, cơ quan tình báo CIA trong vài tháng cận kề cuộc đảo chánh xác nhận thêm thái độ ủng hộ của Mỹ trong việc lật đổ Ngô Đình Diệm và được in chung trong cuốn “Hồ sơ tối mật của Ngũ Giác Đài: Người Mỹ làm thế nào để giết tổng thống Việt Nam?” ấn hành tại Sài Gòn tháng 9.1971.
Trước đó, vào năm 1969, Cao Thế Dung và Lương Khải Minh (một bút danh của Trần Kim Tuyến) đã biên soạn xong cuốn bút ký lịch sử với nhan đề từa tựa như tài liệu của Bộ Quốc phòng Mỹ nói trên, là: “Làm thế nào để giết một tổng thống?” - có đoạn kể lại những giây phút cuối cùng của tổng thống Diệm tại dinh Gia Long:
“…Từ khi súng nổ, tổng thống Diệm xuống hầm thì tất cả các bộ phận đầu não đều tập trung trong căn phòng khách nhỏ hẹp của tổng thống Diệm với một chiếc bàn tròn, một chiếc ghế bành, một chiếc tràng kỷ. Ông Nhu đi đi lại lại phía trên hành lang sâu hút của chiếc hầm…. ông Nhu vẫn đi như thế đầu cúi thấp, từng bước chầm chậm.
Buổi chiều nặng nề trôi qua. Tổng thống Diệm chăm chú nghe lời nói của ông em: “Hừ hừ… Mỹ nó biểu làm thì làm… Mỹ nó cho mỗi đứa vài ngàn đô la là xong.” Ông Nhu búng tàn thuốc, gương mặt trĩu nặng: “Đính (Tôn Thất Đính - nguyên Tổng trấn Sài Gòn - Gia Định, Tư lệnh Quân đoàn 3) , Mậu (Đỗ Mậu - Giám đốc Nha An ninh quân đội) nó làm như rứa…”
Tổng thống Diệm lặng thinh. Khoảng 6 giờ tối ông già Ẩn mang xuống một tô cháo gà để tổng thống Diệm lót lòng. Ông tổng thống với cử chỉ uể oải, chán nản tột cùng, cầm thìa múc cháo như chừng không còn đủ sức nuốt cho hết. Ông nhìn mọi người rồi bảo ông già Ẩn: “Múc vài tô nữa cho anh em ăn với “. Nhưng đây là tô cháo cuối cùng của đầu bếp dinh Gia Long.
Khoảng 7 giờ tối, ông Nhu nói với bào huynh: “Thôi mình đi“. Tổng thống Diệm quay lại hỏi: “Đi mô?” Ông Nhu nói nhát gừng: “Cứ đi rồi tính“. Tổng Thống đứng lên nói: “Đi thì đi...” Tổng thống Diệm sai già Ẩn lên lầu lấy cặp da. Trung úy Sung thì thu xếp hành trang cho ông Nhu.
Tổng thống Diệm nói với các sĩ quan tùy viên cùng bác sĩ Đinh Xuân Ninh và trung tá Kỳ Quan Liêm: “Đi một đứa thôi. Đi nhiều không nên“. Tất cả mọi người có mặt, đều có vợ con riêng. Đỗ Thọ thì còn độc thân. Đại úy Đỗ Thọ tình nguyện đi theo tổng thống. Đại úy Thọ quay lại nói với đại úy Hoàn: “Hoàn ở lại. Tao độc thân đi theo Cụ nếu có chết cũng không sao.” Khi già Ẩn đem chiếc cặp xuống trao cho tổng thống - nghẹn ngào, tổng thống Diệm trao chiếc cặp da cho Hoàn, đôi mắt ông vẫn lơ đãng, xa vời. Đỗ Thọ đỡ chiếc cặp da bước theo tổng thống rời khỏi hầm...
Chiếc xe Chevaux loại fourgonnette đậu sẵn tại sân cỏ. Tổng thống Diệm bước lên xe theo sau là ông Nhu và đại úy Bằng – đại úy Đỗ Thọ ngồi băng trước cạnh tài xế. Tổng thống Diệm ngồi phía sau lưng lái xe và bên cạnh là ông Nhu. Xe rồ máy băng qua cửa nhỏ của dinh phía đường Pasteur rồi tiến vào sân sau Tòa Đô chánh, sau đó rẽ qua phía đường Lê Thánh Tôn, chạy ngang qua rạp Rex, rẽ tay phải đi theo ngã đường Lê Lợi trực chỉ vào Chợ Lớn theo ngã đại lộ Trần Hưng Đạo (…) Khi xe sắp chuyển bánh ông Cao Xuân Vỹ (Tổng giám đốc Thanh niên Cộng hòa) thấy tổng thống Diệm và ông Nhu ngồi trên sàn xe coi bộ thê lương quá nên ông quay vào dinh lấy tấm nệm mousse để tổng thống Diệm và ông Nhu ngồi tạm nhưng khi mang nệm ra thì xe đã đi.
Trước sau, anh em tổng thống Diệm đã trở thành kẻ cô đơn trong cơn khói lửa”
Sáng hôm sau 2.11.1963, tướng Dương Văn Minh - lãnh đạo Hội đồng Quân nhân cách mạng phái hai cánh quân vào Chợ Lớn săn lùng, truy bắt hai ông Diệm - Nhu. Cánh thứ nhất do trung tá Phạm Ngọc Thảo (điệp viên của Hà Nội) đến bao vây, lục soát nhà Mã Tuyên… (còn nữa)